染色质免疫沉淀 (Chromatin Immunoprecipitation, ChIP) 是研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。其原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。后期通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
ChIP可以用来检测体内反式作用因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且,ChIP与其他方法的结合扩大了其应用范围:ChIP与基因芯片相结合建立的ChIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选;ChIP与体内足迹法相结合,用于寻找反式因子的体内结合位点;RNA-ChIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
1. 甲醛处理细胞
2. 收集细胞,超声破碎
3. 加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA复合物相互结合
4. 加入ProteinA,结合抗体-靶蛋白-DNA复合物,沉淀
5. 对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合
6. 洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA复合物
7. 解交联,纯化富集的DNA-片断
8. PCR或基因芯片分析。
1.细胞
2.ChIP级别的抗体。如ChIP结束后进行检测,input作为对照;如结束后进行q-PCR,则需要提供预测靶基因结合位点的具体序列或目标靶基因的名称、种属、序列或GeneBank ID。
实验报告:详细步骤、测序结果、q-PCR结果
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